Wie beim benachbarten Schloss Gottorf bildet auch beim Stadtmuseum ein historisches Bauwerk die Kulisse für die Sammlungen: Der Günderothsche Hof in der Friedrichstraße gilt als einer der schönsten städtischen Adelshöfe in Schleswig-Holstein. Um 1634 ließ der Gottorfer Herzog Friedrich III. den rotgestrichenen Hauptbau des Anwesens als Gästepalais errichten. 1675 gelangte das Gebäude in den Besitz des herzoglichen Oberstallmeisters Friedrich von Günderoth, dessen Name bis heute mit dem Haus verbunden ist. Den heutigen geschlossenen Charakter einer allseitig umbauten Hofanlage erhielt der Komplex durch die beiden aus dem 18. Jahrhundert stammenden Fachwerkbauten, die das Haupthaus flankieren. In dessen Inneren beeindruckt die repräsentative Eingangshalle mit einer in dieser Form seltenen spätbarocken Treppenanlage. 1851 erwarb die Stadt Schleswig den Hof, der in den folgenden Jahrzehnten eine sehr wechselvolle Geschichte erlebte und seit 1932 das Museum beherbergt. Durch die Einbeziehung weiterer Gebäude in der Nachbarschaft vergrößerte sich nach 1950 der Ausstellungs- und Aktionsradius des Museums erheblich.